现阶段，国内医院对污水处理的主要有两种方法：第一，利用消毒剂进行消毒之后将其排入市政下水道。第二，通过一体化医疗污水处理设备对污水采取生化处理并在消毒之后向自然水体中排放。这两种污水处理方式的主要特点表现在：首先，病原微生物浓度较高，医疗单位对污水的消毒达不到合格标准。尤其大多医院在规模缩小、等级降低之后，其消毒方法、一体化医疗污水处理设备以及自我检测方面的完善程度也呈现递减趋势。其次，消毒过程中主要以氯为主。国内大多地区目标所采用的一般为一级或二级处理加氯消毒、次氯酸钠消毒剂或者利用液氯、二氧化氯进行消毒。第三，消毒剂投加量过量或不足的情况比较常见。一部分医院为保证杀菌比较彻底，使用过量的消毒剂，也有部分医院为节约成本，投加量明显不足，达不到良好的消毒效果。